Problème résolu.
Le core était bien à jour shadow256, MAJ faite depuis RetroArch.
J'ai fait une réinstallation propre de RetroArch et tout fonctionnait parfaitement. Dans mes souvenirs, à la première install, le core de Mupen64 n'était bizarrement pas présent, j'ai dû aller en chercher un sur internet. Dans la nouvelle installation il était directement présent.
Merci pour votre aide.