J'ai eu un problème assez similaire avec Zelda BotW lorsque j'ai migré de SXOS à Atmosphere.
J'ai installé le jeu à partir du dump de ma cartouche, puis les DLC et la MAJ 1.6.0.
Pendant 2 jours, le jeu a parfaitement fonctionné. Au troisième jour, et pour une raison qui m'échappe encore totalement, même erreur "Le logiciel n'a pas pu être démarré", avec détection de données corrompues par la console.
J'ai complètement désinstallé BotW, retéléchargé et réinstallé les sigpatches, réinstallé le jeu à partir de mon dump ainsi que d'autres sources.
Le jeu de base se lançait sans problème, mais dès que j'installais la MAJ 1.6.0 bim, "Le logiciel n'a pas pu être démarré"...
J'ai recommencé plusieurs fois, avec plusieurs softs différents (Tinfoil, Awoo, DBI), pour aboutir au même résultat...
Et c'était le seul et unique jeu qui me posait ce problème, à ne rien comprendre...
J'ai alors tenté une manip trouvée sur le net et à laquelle je ne croyais pas une seule seconde, mais qui a bel et bien résolu le problème :
- Lancer Hekate ;
- Avant de toucher "Launch CFW", maintenir les deux boutons Volume enfoncés pour lancer le mode restauration ;
- A l'écran d'accueil du mode restauration, ne toucher à rien et éteindre la console ;
- Rallumer la console.
Depuis BotW se lance sans aucun problème. Je devais donc avoir un ou des fichiers résiduels stockés quelque part, et comme le mode restauration supprime toute éventuelle MAJ en attente cette manip a résolu le problème.