Salut Rados 
Concernant ton problème beaucoup de personnes l'on je te rassure étant donné que les 2 Pokémon possède une protection par contre ce qui est curieux c'est que certain arrive à le faire fonctionné sur une R4i Gold 3DS et d'autres personnes non je pense que cela doit venir de l'architecture (conception) du linker qui évolue au fil du temps.
Je vais te proposer une solution (je ne sais pas si elle marche
) rien de bien complexe mais il faut savoir dans un premier temps que les 2 pokémon ne doivent pas avoir était patché (Patch FR, Pach pour faire sauté la sécurité du jeu, etc...)
1. Formate la micro SD (récupere avant tes jeux, sauvegarde, homebrew, etc...)
2. Télécharge le Wood 1.56 et R4DS YSMenu V6.97
3. Place le le Wood et le R4DS YSMenu à la racine de la micro SD (De tel sorte que dans la micro SD il y ai les dossiers "_rpg", "TTMenu" et les fichiers "_DS_MENU.DAT", "YSMenu.nds" )
4. Place s'y les 2 pokémon et test
Fait nous un retour sur le forum s'il te plaît 